En 1990, des utilisateurs de bois, des commerçants et des représentants d'organisations environnementales et de défense des droits humains préoccupés par l’accélération de la déforestation mondiale, la dégradation de l'environnement et l'exclusion sociale se réunirent en Californie. Leur but était de réfléchir à un système qui permettrait d'identifier de manière crédible des forêts bien gérées afin de garantir des sources de bois produit de manière responsable. Le concept du FSC et son nom sont nés lors de cette réunion.
Ce n'est toutefois que 2 ans plus tard, lors de la Conférence des Nations Unies sur l'environnement et le développement, plus connue sous le nom de "Sommet de la Terre", qui a eu lieu à Rio de Janeiro en 1992, que l'idée s'est concrétisée. Le Sommet de la Terre n'a produit aucun engagement juridiquement contraignant concernant la gestion des forêts, mais il a fait émerger l'Agenda 21 ainsi que les "Principes forestiers non juridiquement contraignants". Et il a surtout présenté pour de nombreuses organisations non gouvernementales l'opportunité de se réunir et d'obtenir un soutien pour l’idée novatrice d’un schéma de certification forestière international, indépendant et non gouvernemental.
Des consultations intenses ont suivi dans dix pays et ont débouché en 1993, sur l'Assemblée fondatrice du FSC, à Toronto, au Canada,
Le FSC a été créé en tant qu'entité juridique au Mexique en février 1994. Le premier secrétariat se trouvait à Oaxaca, au Mexique. Il a été transféré en 2003 à Bonn, en Allemagne.
Depuis sa création, le FSC n’a cessé de croître. Le nombre de certificats de « gestion forestière » et de certificats de « chaîne de contrôle » délivrés ont augmenté de façon exponentielle.
La 7ème Assemblée Générale du FSC s'est tenue en 2014 à Séville, en Espagne.